地理标志保护制度的建立已有一百余年的历史，不同的保护理念与不同的保护模式一直并存于两大法系的不同国家之中。如今这项老制度又出现了新的问题，这不仅影响到《知识产权协定》在缔约方的国内实施，也对后《知识产权协定》时代国际知识产权制度的发展增加了变数。
地理标志是标示产品来源地的商品性标记。在知识产权国际保护的法律框架中，地理标志的知识产权保护制度，其建立从《巴黎公约》到《知识产权协定》已有一百二十多年的历史，但这一制度并没有多少进展，反而在国际社会里一直存在着争论；按照《知识产权协定》的说法，地理标志是指标明某商品来源于某一缔约方的地域或该地域的某一地区或地点的标志，并且该商品的特定质量、信誉或其他特征与该地理来源有实质上的关联。
从某种意义上说，地理标志也是一种与现代知识有别的“传统资源”。一般而言，地理标志的构成主要有两种形式：一是由具体的地理名称与商品名称组合而成，如“瑞士手表”、“北京烤鸭”等；二是以具体的地理名称直接作为地理标志，如香槟(champagne)既是法国的一个省名，又是产于该地的一种起泡白葡萄酒的地理标志。因此，地理标志具有地缘性、客观性、永久性的特点。
地理标志是各国知识产权的共同保护对象，但由于历史、经济、文化等因素的影响，各国在立法模式上的选择并不相同：
一是专门法保护。即是将地理标志作为一种特殊工业产权看待，采用专门立法的方式给予保护。其代表性法律首推法国《原产地名称法》。在专门法保护模式下，地理标志权被认为是一种“集体财产权利”，由国家颁布法令规定地理标志的检测方式和程序；地理标志不认为有通用性，该标志以及任何使人产生与其联想的其他说明都不得在任何类似商品上使用；地理标记权不能视为公产，并且不受时效限制。
二是商标法保护。即是将地理标志作为证明商标、集体商标，纳入到商标法体系。美国及一些普通法系的国家采用这一方式。在商标法保护模式下，地理标志不能作为普通商标注册，但可将其注册为证明商标、集体商标，从而取得专用权保护；主管机关对地理标志即证明商标、集体商标的主体有明确的资格限制，一般应是对商品特点品质有检测和监督能力的法人组织；证明商标权和集体商标权归注册人所有，其中，集体商标注册人可以在自己经营的商品上使用该商标，而证明商标只能由注册人授权符合使用条件的经营者使用该商标。
有些学者认为，在历史较为悠久的国家，如欧洲国家及一些传统产品较为出名的国家，存在着许多世界知名的商品，因而很早就倾向于通过对地理标志的严格保护来维护其固有的经济利益。反之，美国、加拿大、澳大利亚等新兴国家的经济发展中没有太多的传统地理和人文因素，地理标志并未给其带来较大的经济利益，故这些国家并未特别强化对地理标志的保护，而仅仅出于防止消费者受欺诈的动因作出规定。鉴于世界各国在地理标志保护方面的不同态度，国际上很早就开始了协调行动。1883年《保护工业产权巴黎公约》率先将地理标志列入工业产权保护的范围，并对防止假冒地理标志的行为作了一些实质性规定。1891年《制裁产品虚假或欺骗性货源标志马德里协定》和1958年《保护原产地名称及其国际注册里斯本协定》，则分别对禁止利用假冒地理标志实施不正当竞争行为，以及地理标志的国际注册程序和要求作了具体的规定。在世界贸易组织的《知识产权协定》框架中，地理标志是“与贸易有关的知识产权”之一。值得注意的是，在《知识产权协定》的谈判过程中，发达国家的立场和目标基本上是一致的，他们联合向发展中国家施加压力；但在地理标志保护的问题上却出现了严重分歧，欧盟及瑞士与美国有着不同的主张。《知识产权协定》关于地理标志的保护措施，尤其是对葡萄酒、烈性酒的特别保护，满足了欧盟及其他欧洲国家的基本诉求，但也顾及到美国等国家对某些地理标志长期使用的现状，对地理标志的保护规定了多项例外。上述规定实际上是发达国家两大利益集团妥协的结果。
《知识产权协定》的形成，并没有完全解决不同国家关于地理标志保护问题的矛盾。为此，协定启动了有关谈判和审议机制，为某些缔约方之间就“单个地理标志”进行谈判奠定了法律基础。从具体实施的情况来看，“单个地理标志”问题，实际上是要解决在一些缔约方一般已被作为通用名称使用的葡萄酒和烈性酒地理标志的保护问题，显然这是历史“遗留”问题，而不是未来保护问题。在这种情况下，地理标志成为2001年11月第四届世界贸易组织部长级(多哈会议)的一个重要议题。多哈回合的相关谈判议题有三：一是建立葡萄酒和烈性酒地理标志的多边注册制度，二是扩大关于葡萄酒和烈性酒地理标志特别保护的适用范围，三是《知识产权协定》理事会对实施有关地理标志规定的评审。对前述两个问题，美国与欧盟存有分歧：欧盟主张建立一种有法律效力的、类似于《里斯本协定》所规定的国际注册制度，而美国不赞成建立多边注册制度，并提出即使建立这种制度也应只具有信息通报功能，即建立的是地理标志的数据库，而不是注册体系；关于酒类产品地理标志的特别保护措施，欧盟主张扩大其适用范围，而美国则表示反对。由于美欧之间严重的分歧，直至世界贸易组织第五届部长级会议(坎昆会议)召开之前，各缔约方关于地理标志问题的谈判依然没有取得实质性进展，这也成为2003年9月坎昆会议无果而终的重要原因之一。
国际社会注意到，从多哈会议到坎昆会议，发展中国家在地理标志谈判中的立场、观点发生了“分化”。在以往的知识产权问题上，发展中国家与发达国家各自作为一个整体而处于某种程度的对抗，但在地理标志问题上，众多发展中国家出于自己的利益需要，站在了不同的阵营：一部分站在美国一边(主要是中美及南美国家)，另一部分站在欧盟一边(主要是中东欧及亚洲国家)。这就说明，地理标志的知识产权保护，与各国的经济水平发展无涉，但与产业或产品的“传统”有关。
综上所述，在地理标志保护方面，不再是以往的南北矛盾，而是所谓“新世界”国家与“旧世界”国家之间的矛盾。“新”“旧”两个世界中既有发达国家，也有发展中国家。美欧之间的矛盾与分歧，以及发展中国家的分化，使得国际知识产权领域出现了一种新的更加复杂的利益格局。